Махачкалинское «Динамо», согласно информации из открытых источников, было основано в 1927-ом, спустя четыре года после создания всесоюзного спортивного общества с таким названием.
В первые два десятилетия своего существования клуб выступал исключительно в чемпионате Дагестана. За это время «Динамо» пять раз выигрывало титул чемпиона республики.
В 1946 году клуб дебютировал в чемпионате СССР. Сезон получился скромным по результатам: команда заняла седьмое место среди восьми коллективов третьей лиги и вернулась на региональный уровень. «Динамо» продолжило выступления в чемпионате Дагестана, который выиграло в 50-е годы еще три раза.
В 1958 году клуб вернулся в чемпионат СССР, в класс «Б», но уже под другим названием – «Темп». Его он носил недолго – до 1961 года.
Ничем примечательным с точки зрения результатов в чемпионате страны выступления «Динамо» на первых порах не отличались.
Знаменательным для махачкалинского клуба, как, впрочем, и для динамовских команд из других лиг, получился 1967 год. Главным тренером дагестанского «Динамо» был назначен известный специалист – заслуженный тренер РСФСР Иван Золотухин. Перед ним и его командой стояла задача повышения в классе. «Динамо» тогда выступало в классе «Б» – третьем эшелоне чемпионата СССР, где в предыдущем сезоне заняло лишь 16-е место.
Золотухин «под задачу» привел с собой большую группу игроков. Тот коллектив в народе остроумно прозвали «командой генералов»: в нем оказалось сразу несколько однофамильцев героев Великой Отечественной из числа высшего командного состава – Жуков, Панфилов, Тимошенко.
Ажиотаж вокруг команды в то время был сумасшедший – желающих попасть на домашний матч «Динамо» на одноименный, еще не реконструированный стадион было так много, что силам правопорядка порой приходилось разгонять толпу, поливая ее водой из брандспойтов.
Клубу в сезоне-1967 удалось не только выиграть первенство, но выполнить и еще два соревновательных условия для повышения в классе – победить в полуфинальной и финальной пульках, составленных из победителей всех зон класса «Б».
На протяжении двух сезонов команда Золотухина затем выступала во втором эшелоне советского чемпионата. В это время за нее приезжал играть начинавший карьеру Андрей Якубик – впоследствии чемпион СССР в составе московского «Динамо» и бронзовый призер Олимпиады в составе сборной.
В 1970 году классы сменились лигами – высшей, первой и второй, и «Динамо» в результате этой реорганизации чемпионата оказалось в третьем эшелоне.
Во второй союзной лиге за «Динамо» порой играли довольно известные мастера. Например, в начале 70-х за команду выступал Валерий Маслов – на тот момент чемпион СССР и двукратный обладатель Кубка страны. Еще более внушительный список достижений у него был в хоккее с мячом на льду, в который Маслов успевал играть параллельно с футболом, пользуясь тем, что соревнования в этих видах спорта проводятся в разные времена года.
Во второй и последний раз в истории советских чемпионатов «Динамо» выиграло зональный турнир в 1975 году. К тому времени в Махачкале собралась звездная команда: Семен Валявский, Касим Акчурин, Мантай Мантаев, Александр Маркаров (впоследствии лучший бомбардир второй лиги в истории чемпионатов СССР), Рафаэль Сафаров, Александр Решетняк, Успат Рашидов, Камиль Асеев, Вячеслав Легкий, Анатолий Подколоднев.
Возглавил коллектив Владимир Шувалов. С ним команда опередила 19 команд своей зоны и успешно преодолела полуфинальную пульку из лучших команд всех зон второй лиги. Но в финальном турнире добиться права на выход в первую лигу динамовцам не удалось.
В том же году в одноматчевом противостоянии «Динамо» выиграло титул чемпиона РСФСР, разыгрывавшийся среди клубов второй лиги, представлявших российскую союзную республику.
С того времени «Динамо» вплоть до 90-х выступало в чемпионате СССР с переменным успехом, продолжая собирать полные стадионы на домашних матчах, но задачи повышения в классе, как правило, не ставила.
Очередное ярчайшее поколение динамовцев подобралось в конце 80 – начале 90-х. В это время здесь начинали карьеру местные воспитанники – будущий многолетний капитан и легенда израильского «Маккаби» из Петах-Тиквы Мурад Магомедов; Михаил Куприянов и Нарвик Сирхаев – будущие чемпионы России в составе московских «Спартака» и «Локомотива» соответственно; лучший бомбардир в российском футболе Ибрагим Гасанбеков.
История выступлений «Динамо» в российском чемпионате начинается с 1993 года, потому что первый сезон команда пропустила. Костяк обновленного коллектива составили игроки чемпиона Дагестана – хасавюртовского «Спартака» – и их главный тренер Камач Кабаев.
В том первенстве «Динамо» финишировало третьим в своей зоне второй лиги, завоевав право… остаться во второй лиге, которая в результате реорганизации получила более высокий статус и перестала быть низшим эшелоном российского футбола.
Следующий сезон команда не доиграла – ее сняли с первенства, и до начала 2000-х клуб не мог похвастать высокими результатами, выступая в низшем дивизионе российского чемпионата.
Самые большие успехи махачкалинского «Динамо» в его российской истории связаны с именем Леонида Назаренко. В 2002 году команда под его руководством заняла второе место в своей зоне, которого, однако, было недостаточно для повышения в классе, а в 2003-м с 15-очковым преимуществом выиграло первенство и получило заветную путевку в первый дивизион.
В нем «Динамо» выступало на протяжении трех сезонов, финишировав сначала на 11-м, потом на шестом и, наконец, на 16-м месте. По спортивному принципу клуб не вылетел из первого дивизиона, но после сезона-2006 не получил лицензию, подтверждающую его профессиональный статус, и махачкалинское «Динамо» фактически перестало существовать.
15 лет спустя – в 2021 году – клуб был возрожден по инициативе главы Дагестана Сергея Меликова на базе СК «Махачкала», выступавшего в первенстве Профессиональной футбольной лиги.
За три сезона «Динамо» смогло дважды добиться повышения в классе, сначала выиграв первенство второго дивизиона, а в сезоне-2023/2024 впервые в своей истории завоевав путевку в элитный дивизион отечественного чемпионата – Российскую Премьер-лигу.